La Universidad de Ciencias y Artes de Chiapas tiene sus antecedentes en la Escuela Industrial de Chiapas creada en 1893, siendo gobernador del estado el licenciado Emilio Rabasa Estebanell. Este centro se convirtió en el Instituto de Artes y Oficios del Estado en 1897 y, en 1900, en la Escuela Industrial Militar.

En 1926 funcionó como Escuela Normal Mixta y Preparatoria del Estado. Pero en 1944, por decreto del gobernador Rafael Pascasio Gamboa, se estableció como Instituto de Ciencias y Artes de Chiapas (ICACH), el cual reunía a las escuelas secundaria, preparatoria y normal. Posterior a su creación se integraron a él las escuelas de contabilidad, enfermería, trabajo social, leyes y bellas artes. El ICACH fue miembro fundador, desde 1951, de la Asociación Nacional de Universidades e Instituciones de Educación Superior (ANUIES).

En agosto de 1981, el ICACH asumió la función de Instituto de Educación Superior como organismo descentralizado de la Secretaría de Educación Pública del Estado, iniciando sus actividades en febrero de 1982. En septiembre del mismo año, se autorizó la promoción de Ingeniería Topográfica y de las carreras de Odontología, Psicología, Biología y Nutrición. En 1989, por acuerdo del entonces gobernador licenciado Patrocinio González Garrido, la institución consolidó el área de artes con las escuelas de Música, de Danza, Artes Plásticas y Artes Escénicas.

El 31 de enero de 1995 el instituto se transformó en la Universidad de Ciencias y Artes de Chiapas, de acuerdo con la necesidad de dar una nueva dimensión a los fines y procesos educativos creando el Centro de Estudios Superiores de México y Centroamérica (CESMECA) y en 1996 se instalaron la Licenciatura en Música y la Maestría en Psicología Social. El 24 de marzo de 2000 adquirió su autonomía y se crean las licenciaturas en Historia y Comercio Exterior y las carreras de técnico superior universitario.

El 2 de octubre de 2017 es nombrado por la Junta Directiva el Dr. José Rodolfo Calvo Fonseca​ para el periodo 2017-2021.